Çakraları dengelemenin, yaşam enerjisi (aynı zamanda pranaveya qi olarak bilinir) akışını sağlayarak tüm vücutta genel sağlığı ve zindeliği iyileştirir. Bu yaşam enerjisinin akışında oluşan tıkanıklıkların, nihayetinde ruhsal, duygusal ve/veya fiziksel hastalıklara sebep olur. Bu engelleri kaldırarak ve enerji akışını maksimuma çıkararak, uygulayıcıların, vücudun, zihnin ve ruhun bir bütün olarak fonksiyon göstermesini sağlar. Bazı alternatif doktorlar, örneğin sezgisel şifacılar, dengesizlikleri tespit etmek ve problemleri teşhis etmek için hastanın çakralarını "okuyabildiklerini” söyler. Bu durum bazen bir sarkaç kullanılarak da yapılabilir.
Kişi nefes meditasyonu sayesinde öncelikle nefes alıp verdiğinin farkına varır, nefesini hissetmesi ile birlikte diğer uzuvlarının ya da parçalarının da farkına varır ve zihnindeki düşüncelere tam ve doğru şekilde nüfuz edebilir. Başka bir deyişle nefesin kontrol edilmesi aynı zamanda tüm düşüncelerin ve bedenin de kontrol edilmesi anlamına gelmektedir. Bu yüzden nefes meditasyonu yapmak etkili bir meditasyon yapabilmek için önemlidir.